Марк впервые стал известен в 1998 году, когда выиграл чемпионат Англии для игроков младше 15 лет. Уже тогда в нём заметили перспективного игрока. Весь сезон 1998/99 годов он провёл в челлендж-турах и завоевал себе место в мэйн-туре всего-то в 16 лет. Нельзя сказать, что он начал выступать там так же, как это делали звёзды вроде Стивена Хендри или Ронни О'Салливана. Нет, за первый сезон самым серьёзным достижением Селби стало попадание в состав 64-х сильнейших в 9-ти квалификациях. Марк смог занять 122-ю строчку рейтинга, но это было только самое начало его интересного пути. Ему удалось войти в 48 сильнейших на China Open в сезоне 2000/01 годов, что, впрочем, стало его единственным достижением на тот момент. Он поднялся в рейтинге до 95-го места, сохраняя свое место в мэйн-туре. Трудно было заметить в том игроке будущую звезду снукера. Он не впечатлял ничем, кроме своего дьявольского старания и упорства. Но уже в следующем сезоне о нём заговорили громко, его стали узнавать наравне с другими молодыми талантами. Ему удалось сделать почти невозможное для его возраста — он вышел в полуфинал открытого чемпионата Китая.
Победил он на своём пути Джо Свэйла, Стивена Хендри и Ронни О’Салливана, что выглядело впечатляюще. Но в полуфинале Селби без шансов уступил Энтони Хэмилтону. Также Марку удалось выйти в финальный раунд квалификации на чемпионат мира, и он закончил сезон на 56-й строчке рейтинга. Для его возраста (а ему уже было 19), он держался более чем скромно и вряд ли претендовал на место выше 30-го в рейтинге. Тем не менее он продолжал бороться и не оставлял надежд на титулы. В сезоне 2002/03 Марку трижды удалось выйти в финальную стадию турниров (1/16 финала). На рейтинговом Scottish Open он победил Пола Хантера, Мэттью Стивенса, Алистера Картера и Кена Доэрти. Это был первый финал для Селби. Наверное избыток волнения, недостаток концентрации и груз ответственности испортили его игру в финале, и он проиграл Дэвиду Грэю 7:9. На следующий сезон он уже имел 29-й мировой рейтинг, что было уже не так плохо само по себе. В дальнейшем ничего яркого Марку показать так и не удалось. Несмотря на то, что он регулярно попадал в 1/8 или хотя бы в 1/16 финалов престижных турниров, ему ни разу не удавалось показать серьёзные результаты. Лишь в 2005 году он впервые отквалифицировался на чемпионат мира, где проиграл Джону Хиггинсу 5:10. С 2004 по 2006 годы Селби не состоял в топ-32 и вернулся туда лишь по окончании сезона 2005/06, когда он стал 28-м. Он снова заставил обратить на себя внимание, когда обыграл Хиггинса на ЧМ 2006 года в первом раунде 10:4. Он не смог продвинуться дальше 2-го раунда (там он проиграл Марку Уильямсу 9:13), но доказал, что может бороться с грандами почти на равных.